Bağlantı tünelleri, Sirkeci İstasyonu ile giriş yapıları arasında yolcuların akışını sağlamak amacıyla projelendirilmiştir.

Doğu havalandırma şaftı; 9 normal kat, platform katı ve giriş katından oluşmaktadır. Yerin 40m altından başlayıp, 10m üstünde bitecek şekilde toplamda 50m yüksekliğindedir. İçinde, E/M teknik odaları, kaçış şaftı ve asansör mevcuttur. Yapı, zemin yapı etkileşimi dikkate alınarak dinamik analiz ile çözülmüştür.

Tehlike anlarında istasyondan kaçış yapılabilmesi amacıyla projelendirilmiştir. Yapı -40m kotundan başlayıp +5 kotuna kadar çıkmaktadır. Şaftın çözümünde, zemin yapı etkileşimini dikkate alınarak dinamik analiz yöntemleri uygulanmıştır.

Batı havalandırma şaftı; 9 normal kat, platform katı ve giriş katından oluşmaktadır. Yerin 40m altından başlayıp, 10m üstünde bitecek şekilde toplamda 50m yüksekliğindedir. İçinde, E/M teknik odaları, kaçış şaftı ve asansör mevcuttur. Yapı zemin yapı etkileşimi dikkate alınarak dinamik analiz ile çözülmüştür.

Sirkeci İstasyonun’da yolcuların toplandığı platforma inmek amacıyla projelendirilmiştir. Toplamda 25 m yükseklikte olan yapının 20 m’lik kısmı yerin altındadır. Yerüstündeki kısmında alüminyum çatı dizayn edilmiştir.

Yenikapı istasyon yapısı, toplamda 30 m olup, 22 m’lik kısmı yeraltındadır. Yerüstünde olan bölümlerinde çelik çatılar yeralmaktadır. Zemin-yapı etkileşimi dikkate alınarak dinamik analizlerle çözülen yapı 30.000 m2 kullanma alanına sahiptir.